Voor de schoolleiding is het van belang om het personeel (bijvoorbeeld via de personeelsgeleding van de MR) bij de voorbereiding van het onderzoek te betrekken. Daarnaast wordt geadviseerd om bijvoorbeeld in een voorlichtingsbijeenkomst of werkoverleg alle personeelsleden te informeren over het doel, de achtergrond en de werkwijze van het onderzoek.

Nadat de personeelsleden zijn geïnformeerd, krijgen zij een vragenlijst toegezonden. De vragenlijsten kunnen zowel op papier als via een cd-rom worden verstrekt. Er is een vragenlijst voor onderwijzend personeel en een vragenlijst voor onderwijs ondersteunend personeel. In beide vragenlijsten komen de volgende onderwerpen aan de orde:
- de persoonsgegevens
- het werk
- de leidinggevenden
- het schoolbeleid
- de schoolcultuur
- de werkomstandigheden
- de gevolgen 

Door de Arbodienst of zorgverlener worden de vragenlijsten vervolgens verwerkt en geanalyseerd. Dit gebeurt met het beheer- en analyseprogramma van de Schoolgezondheidmeter. Uitkomsten van de school/locatie worden afgezet tegen een zogenaamd referentiebestand. Dit zijn de gegevens van personeelsleden van een representatieve groep scholen. In de onderzoeksrapportage worden de aspecten beschreven waarbij de betreffende school/locatie het beter of slechter doet dan het landelijk gemiddelde. De onderwerpen waarover wordt gerapporteerd, zijn dezelfde onderwerpen als in de vragenlijst aan de orde komen.

De uiteindelijke rapportage wordt met de schoolleiding en eventueel een vertegenwoordiging van het personeel besproken. Vervolgens kan worden gewerkt aan een actieplan om geconstateerde knelpunten op te lossen. Een belangrijke voorwaarde voor het kunnen uitvoeren van een volwaardig onderzoek met de Schoolgezondheidmeter is dat de omvang van het personeelsbestand niet te klein is. Bij onderzoeken die betrekking hebben op een klein personeelsbestand kan alleen in beschrijvende zin gerapporteerd worden. Indien de problematiek niet organisatiebreed maar sterk individueel van aard is, is het inzetten van een PAGO voor betreffend personeelslid op zijn plaats. Voor onderwijs personeel met welzijnsproblematiek kan hiervoor de Welzijnscheck onderwijspersoneel worden ingezet.